1957年，高等军事学院毕业的刘懋功迎来了职业生涯的转折点，面临两个重要抉择：一是成为大军区空军副司令，二是掌舵空军军长一职。
他毅然抉择了正军职而非副兵团职，并明确表示：愿投身实践，做些实实在在的工作。
当前，他已被调任至空军师长一职，肩负起作战指挥的重任，所在部队乃一支至关重要的战斗力量。
他深信作战师主官需掌握飞行技能，遗憾自己尚无独立飞行经历，故无意师长之位，请调陆军遭拒。遂转赴军事学院，专攻空军四年。
1957年学业完成后，面临两条道路：一是前往武汉军区空军司令部，履新副司令之职；另一则是投身空军第三军，担任军长重任。
大军区通常统辖的空军司令部属正兵团级别，其司令与政委均担纲正兵团要职，副职则对应副兵团级，接受空军与大军区双重指挥。尽管职位晋升，他仍热衷领兵作战，不因未习飞行技艺而推辞军长之责。
军长位列正军级，其职位相较于大军区麾下的空军副司令而言，处在较低的层级上。
征战沙场的将领皆明了：宁愿身为牛群之首，也不愿屈居凤凰之尾。战事频仍之时，副职多为主官之辅佐，不似主官那般决断。虽职位非尊，却为一正军级统领，军事事务皆由其定夺。
空军第三军隶属于沈阳军区空军司令部管辖，驻扎于海滨城市大连。尔后，该部队转战福建，临时受福州军区空军司令部调遣，历经数次激烈的空中交锋。
1960年，为强化西南地区防空力量，上级决定设立昆明与成都军区空军指挥机构。正在青岛休养的刘懋功被委以重任，负责筹建昆明军区空军指挥所。秦基伟鼓励他大胆行事，全力支持其所需资源。
历经八载春秋于昆明勤勉任职后，1968年他获委重任，转赴南京军区空军司令部掌舵，晋升为兵团首脑，肩负起新的使命。
相较于陆军，空军与海军将领的晋升路径独具特色。陆军因规模庞大，军长晋升大军区副职机会较多，且大区众多，副职岗位充裕。而空军、海军司令部唯一，下辖兵团及正军级单位有限，晋升至正兵团级后，再迈向海空副职便显艰难。
故而，众多空军与海军的干部，一旦晋升至正兵团级别，大多会选择退居幕后或步入离休生活。离休后，大军区副职与正兵团职的待遇几近相同，唯住房面积有所差异。
